商学研究科には、博士課程の前期課程と後期課程とが設置されています。商業、金融、流通、貿易、経営、会計、経済の各分野において最先端の研究をおこなっている教授の指導の下で、個々の大学院生が自ら選んだテーマについて勉学に励んでおり、その成果は年2回発行されている後期課程大学院生を中心とした『商学論集』に掲載されています。『商学論集』は1966年の発刊以来すでに55巻1号を出す実績をもっています。
商学研究科は、商学部教員はもとより、全国の多数の大学に優秀な教員を多数送り込んでいる私学でも屈指の研究科です。また最近では大学院在籍中に博士号（課程博士）を授与することにも積極的に取り組んでおり、今後も優秀な研究者を輩出していくことが期待されています。また、情報化、国際化社会を迎えて、社会が広く高度な専門的知識をもつ人材を要求している現状に応えて、公認会計士、税理士、投資マネージャー、企業経営者、流通専門家、国際業務担当専門職等を育成することを目指しています。
こうした研究職と高度専門職を目指す学生が互いに刺激し合い、向上できるよう、多くの科目を配置し進路の希望にも弾力的に対応しています。
商学研究科では、専任の教授陣に加えて、各界で活躍している多くの著名な実業家を講師として招聘しており、特にワークショップでは、これら実業家・起業家の方々に日本経済や諸企業が直面している課題を提示していただき、理論と実務の融合を図ろうとしています。2007年度からは、「ワークショップ」として、より広い範囲で、ビジネスの最新の動向について、さまざまな知識や情報が修得できる科目を設置しました。本研究科は、研究職を志向する人材を養成するとともに、高度な専門的知識を必要とする職業人を育成し、両者が相互に刺激を与えつつ向上心を持って高度な研究をすすめるメッカとなることでしょう。
なお一定の成績以上の同志社大学商学部出身者には9月試験で特別入学（推薦制度）が認められています。また、学部3年時点で大学院を受験できる飛び級入試も可能です。なお飛び級入学者には、各種の奨学金が優先的に支給されます。